Erzurum vakıflarını incelerken karşımıza çıkan en ilginç hususlardan birisi, Erzurum şehri içerisinde ve çevresinde Tokat Şeyhliği Vakfı’na ait arazilerin varlığıdır. Anladığımız kadarıyla bu vakıf, bir taraftan Yunus Emre ve Taptuk Emre’yle, bir taraftan da Pir Ali Baba Vakfı’yla ilişkilidir. Abdürrahim Şerif Beygu’nun yazdığı üzere, Erzurum şehrinin güneybatısındaki Tuzcu köyünde Pir Ali Baba, Yunus Emre ve Taptak (Taptuk) Emre’nin mezarları vardır.
Beygu’ya göre Yunus Emre ve Taptuk Emre’nin mezarları, Cumhuriyet’in ilk yıllarında tahta parmaklıklarla çevriliydi ve dikili mezar taşları vardı. Beygu’nun aktardığı rivayetlere göre XIV. yüzyılın en büyük Türk mutasavvıfı Yunus Emre Erzurum Ovası’na gelip yerleşmişti. Yunus Emre’nin şeyhi Taptuk Emre, rivayete göre Tokat’tan gelmişti. Erzurum’daki bazı vakfiyelerde geçen Tokat Şeyhliği arazileri de muhtemelen Taptuk Emre’ye aitti.
Tokat Şeyhliği’ne ait olup Erzurum’da bulunan arazilerden 1566 tarihli Ali Paşa Vakfiyesi’nde ve 1749 tarihli İbrahim Paşa Vakfiyesi’nde bahsedilmektedir. Bu araziler şehrin güneybatısı ve kuzeyindeydi. Örneğin Gürcükapı haricinde, Zağarcı Ali Ağa Mahallesi’nin hemen yanı başında bostan tarlaları ile Erzincankapı haricinde Akpınar yakınında bostan tarlaları bu vakfa aitti. Bu tarlalar oldukça geniş bir alanı kaplamaktaydı. Yine şehir içinde, Çukur Mahalle’de bu vakfa ait arsalar vardı.
Tokat Şeyhliği Vakfı’nın Erzurum’daki Pir Ali Baba Vakfı ile yakın ve karmaşık bir ilişkisinin olduğu anlaşılmaktadır. Örneğin XVIII. yüzyıla ait bazı belgelerde “Medine-i Erzurum ve Tokat’ta vaki Pir Ali Vakfı” ifadesi geçmekteydi. Yine aynı belgelerde vakfın bir mütevellisinin Erzurum’da diğerinin ise Tokat’ta bulunduğu belirtilmekteydi. Bunların her ikisi de “evlâd-ı vakıf” olarak kayıtlara geçmişti.
XIX. yüzyılın başı itibarıyla Pir Ali Baba Vakfı’na ait olan şehrin güneyindeki Tuzcu köyü ve Kiremitlik Tepe bölgesi, şehrin batısındaki Gez Mahallesi ile kuzeyindeki Çiftlik köyünde bulunan bostanların gelirleri her sene Tokat’tan gelen kişiler tarafından “Tokat Şeyhliği” adına toplanmaktaydı. Bunlar “ceddimizin vakfıdır” diye iltizam akçesini alırlardı. Pir Ali Baba’nın Erzurum’daki evlatlarına da “Bizler Tokat’ta hazineye irsal ediyoruz” diyerek onları başlarından savmaktaydılar.
XIX. yüzyılın ortalarına ait Erzurum’a dair bazı belgelerde, Pir Ali Baba ismi yerine “Erzurum’da Tokat Şeyhliği Zâviyesi Vakfı” ifadesi geçmektedir. Bu durum sonraki dönemde değişmiş ve “Pir Ali Baba Zâviyesi” ifadesi kayıtlara geçmiştir. Bununla birlikte XIX. yüzyılın sonlarında, Tokat sancağı Büyük Beybağı Mahallesi ahalisinden Çavuşoğlu Ali ve Kapıcıoğlu Mehmet, Erzurum’daki Pir Ali Baba Vakfı’nın evlatlarından olduklarını, vakfın tevliyetinin kendilerine ait olduğunu ve gelirlerinin de kendilerine verilmesi gerektiğini belirtmişlerdir.